導入
かつて人間の戦士だったクレイトスは、アレスを倒すことで新たな軍神となった。しかし、クレイトスはすぐにオリンポスで孤独に、仲間の神々から疎外されることとなった。.
原作
ゴッド・オブ・ウォーIIは、ゴッド・オブ・ウォー：ゴースト・オブ・スパルタの出来事の直後、しかしゴッド・オブ・ウォーの出来事から13年以上後に起こる。クレイトスはアレスを倒して新たな軍神となったが、残念ながら他のギリシャ諸国に対する残酷な扱いのために他の神々に受け入れられなかった。クレイトスはアレスの下で働いていたときの過去の記憶に今も悩まされている。彼は唯一の解決策はスパルタ軍を率いてギリシャを征服することだと気付いた。アテナはクレイトスに止めるよう懇願し、オリンポスの怒りから彼を長く守ることはできない、そして彼を神にしたのは自分なのだから自分に背を向けてはいけないと言う。クレイトスは彼女に何も借りはないと言って、スパルタ軍を助けるためにロードス島の戦いに向かう。.
クレイトスは神として戦いに加わり、ロードスの街を破壊し始める。間もなく、クレイトスはワシに気づく。アテナが変装した姿だとクレイトスは考える。ワシはクレイトスの神のような威厳を奪い、ロードスの巨像に注入して蘇らせ、クレイトスを殺す。.
街を荒らし回る巨大な黄金の像との長きに渡る格闘の後、ゼウスはクレイトスにオリンポスの剣を授ける。ゼウス自身が神々とタイタン族の大戦争に勝利した際に用いた剣である。ゼウスの命により、クレイトスはその剣に自らの神の力を注ぎ込み、自らは死すべき存在となったが、巨像を内部から破壊する能力を得た。しかし、クレイトスはすぐに像の切断された手に押しつぶされ、致命傷を負ってしまう。.
クレイトスは、自らを救うにはオリンポスの剣を取り戻さなければならないと悟る。ゆっくりと立ち上がり、剣へと歩み寄ると、ゼウスは自らの力を奪い、アレスと同じ運命を辿らないようにクレイトスを裏切った鷲であることを明かす。ゼウスは降伏を要求するが、クレイトスが拒否すると、ゼウスはオリンポスの剣で彼の腹を刺し、永遠に神々に仕えることを拒否したクレイトスを殺害する。これにより、スパルタとローデシアの兵士たちは皆殺しにされた。.
しかし、クレイトスが冥界で永遠の苦しみへと引きずり込まれようとした時、タイタンの母であり、シリーズの語り手でもあるガイアに救われ、同盟を申し出る。残された力の一部を残し、冥界から脱出したクレイトスは、ガイアの勧めで運命の姉妹たちを探し出し、過去を変え、神のような力と「軍神」の地位を取り戻し、裏切りを阻止してゼウスを倒すよう促される。そして、クレイトスが魔法の馬ペガサスに乗り、姉妹たちの間の距離を越えるのを手伝う。.
タイタン・テュフォンとかつてのタイタン・プロメテウスが眠る山へと方向転換した後、クレイトスとペガサスは創造の島へと飛び立ちますが、ダークライダーの助けを借りたグリフィンとレイヴンの攻撃に再び遭います。ダークライダーはペガサスに激突し、ペガサスは落下して絶命しますが、クレイトスは反撃。運命の槍を持ったダークグリフィンに飛び乗り、その槍をダークグリフィンに突き刺して倒します。その間にクレイトスは創造の島へと急降下します。.
島を探索しながら、クレイトスはガイアになぜ自分を助けるのかと尋ねる。ガイアはゼウスの物語を語り、ゼウスの父クロノスが、子供の一人が反乱を起こすという予言を防ぐために子供たちを皆食べたこと、そしてゼウスの母レアが子供を救い、この島に送ったことを語る。その島は実は地球の母でありゼウスの祖母でもあるタイタン族のガイアであり、ガイアはゼウスが大人になるまで育て、クロノスとすべてのタイタン族に復讐しようとした。その後、クレイトスは従兄弟で半神であるテセウスらと遭遇するが、テセウスを殺し、ペルセウスから騎馬隊と時の馬の鍵（クロノスが運命を変えるために運命の姉妹たちに贈ったもの）を手に入れる。クレイトスの異母兄弟であり、彼が残忍に殺害し、彼の反射シールドを奪って前進させる半神。『ゴッド・オブ・ウォー』冒頭の船長であり、初代『ゴッド・オブ・ウォー』で彼が斬首し、バーバリアンハンマーを奪ったバーバリアンキング。クレイトスは、落胆し狂乱したイカロスと遭遇し、翼を奪われる。そして、ゴルゴンの女王ウリアルにも遭遇し、斬首されてウリアルの首を奪われる。.
クレイトスは地下の巨神アトラスに降り立ち、彼と交信を試みる。最初、アトラスはスパルタ人の姿を見て激怒し、クレイトスへの協力を拒否する。アトラスは『ゴッド・オブ・ウォー: オリンポスの鎖』で最後に会って以来、新たな幽閉の理由として人間を滅ぼそうと躍起になっていたからである。しかし、クレイトスはアトラスを説得して、運命を変えてゼウスを殺す手助けをしてもらうことに成功する。クレイトスの目的に興味をそそられたアトラスは、オリンパスの剣の創造についてクレイトスに語る。神々と巨神族の大戦争が迫る中、ゼウスはすぐにオリンパスの剣と呼ばれる強力な武器を創造し、大戦争を終わらせて巨神族をタルタロスの深淵に追放しようとした。巨神族が神々に敗れたとき、彼らは罰せられ、辱めを受け、復讐のためにクレイトスの助けを求める。申し出を受け入れたクレイトスは、新たな力「アトラス・トレマー」を授け、地上への帰還を助け、探求を続ける。地上に辿り着くと、クレイトスはクラーケンを倒し、フェニックスを再び目覚めさせて運命の神殿へと飛び立つ。ゼウスへの復讐心と、仲間の兵士から得たゼウスの怒りによるスパルタ滅亡の知識を頼りに、探求を続ける。ついに玉座の間に辿り着いたクレイトスは、オリンポスの神々の王ゼウスと自身の運命を変えたいという強い意志を表明するが、姉妹たちは彼の通行を拒否する。そして、クレイトスはラクサスと対峙する。.
凄惨な戦いの後、クレイトスは敗北したラヘキシスの中からアトロポスの真ん中の妹の存在を目撃する。これにより、クレイトスはアレスとの戦いのまさにその瞬間へとタイムスリップする。神の剣を破壊して自らの命を絶とうとしていたクレイトスは、神の剣を守ることで介入し、元の姿を保つ。彼はすぐにアトロポスを倒し、アトロポスを鏡の中に閉じ込めたまま現在へと移動する。ラヘキシスとアトロポスを同時に攻撃し、クレイトスは両姉妹を刃で刺し、閉じ込められていた鏡を破壊することに成功する。こうして、両姉妹は永遠に封印される。.
その後、クレイトスは残りの妹、クロートーを追いかける。クロートーは神々と人間の生活を同様に支配する運命の織機を守っている。クロートーの両手を地面に押し付けると、クレイトスは巨大な刃のような振り子で彼女の頭蓋骨を振り回し、彼女を殺害する。運命の三姉妹を倒したことで、クレイトスは織機と自分の運命を掌握する。最終的に力を取り戻し、再び軍神となったクレイトスは、ロードス島でゼウスの手によって殺された場所に戻り、過去の自分を救い、オリンポスの剣をゼウスから奪い、王との長い戦いを引き起こす。神々の戦いの終わりに、ゼウスは強力な雷雨でクレイトスを気絶させ、その後、クレイトスは偽って降伏を宣言する。ゼウスがクレイトスを殺そうとした時、クレイトスはエネルギーブラストでその攻撃をかわし、アテナの刃でゼウスの両手を岩に押し付けた。そしてクレイトスはオリンポスの剣を掴み、ゼウスがクレイトスを刺したのと同じように、ゼウスの胸に突き刺し始めた。.
ゼウスが言い終える前に、アテナが現れてゼウスを守るが、アテナがオリンポスを守ると宣言したことでクレイトスは彼女の裏切りと妨害に激怒する。重傷を負ったゼウスは逃げようとし、クレイトスが戦争を始めた以上、運命の姉妹たちがすでにゼウスの勝利を予言しているので勝てないだろうと主張する。しかし、クレイトスは守るアテナの前から逃れ、オリンポスの剣を持ってゼウスのもとに向かうが、アテナは自らを剣に突き刺して犠牲になり、ゼウスのもとへ逃げる。驚愕したクレイトスはアテナになぜこんなことをしたのかと尋ねると、瀕死の女神はゼウスの行動は親殺しの連鎖を断ち切るためであり、別の新しい息子が父親を殺し始め、クロノスがウラノスを殺し、クロノスがゼウスを殺したことに遡ると明かす。ゼウスは、彼を殺す前に、この連鎖を断ち切りたいと考えていた。こうしてクレイトスは実はゼウスの息子であることを確認したのだ。このことは、クレイトスがアレスを虐殺して完全な神になる直前は半神であったことを明らかにし、ゼウスは復讐のためにクレイトスに降伏するよう懇願した。.
衝撃と羞恥の表情を浮かべたクレイトスは、意識を失い、父親がいないことを嘆き悲しむ。アテナはクレイトスの腕の中で息を引き取り、オリンポスが勝利するまで、オリンポスのすべての神々がクレイトスを拒絶し、ゼウスを守るだろうと告げる。たとえクレイトスがゼウスを殺したとしても、ゼウスはオリンポスなのだとアテナは告げる。クレイトスはゼウスと、復讐を拒む神々を罰することを誓い、彼らの時間はもう終わりだと告げる。ガイアがクレイトスに話しかけ、自分には時間を操る力があることを思い出させると、アテナの体はすぐに爆発する。.
部屋が崩れ落ちる中、クレイトスは再び機織りに戻る。彼は再び神々と巨人の戦いの時代へとタイムスリップする。彼はガイアと連絡を取り、彼女は巨人たちが彼を待っていたことを告げる。そしてクレイトスは、自分の時代には巨人たちが大戦争に勝利できると告げる。.
結果
敗北したゼウスが、反逆者クレイトスを倒すために神々に協力を促した時、これまで存在した全てのタイタンが本来の姿でクレイトスの時代へと戻された（これはクレイトスが全てのタイタンが最も強かった時代へとタイムスリップしたため。クレイトスが勝利する可能性を高めるため）。怒りと復讐心に燃えるタイタンたちは、ゼウスと神々を滅ぼすためにオリンポス山を登る。クレイトスは彼らを率いてゼウスに「ゼウス！お前の息子が戻ってきた！オリンポスを滅ぼしてやる！」と宣言し、これが『ゴッド・オブ・ウォーIII』の出来事へと直接繋がる。.
